Kėdainių ,,Atžalyno” gimnazija išsidėsčiusi naujojoje Kėdainių miesto dalyje.
Mokykla įkurta 1944 m. senamiestyje kaip Mergaičių gimnazija. 1950 m. pavadinta 2-ąja vidurine mokykla. Dabar čia įsikūręs Švietimo centras.
1953 – 1974 m. buvo įsikūrusi dabartinės Jonušo Radvilos kolegijos vietoje.
1974 m. perkelta į dabartinę vietą, naujai pastatytą tipinį mokyklos pastatą. 1993 m. pavadinta ,,Atžalyno” vidurine mokykla. Mokykloje veikia mokinių demokratinė asociacija (MDA), praktinė firma ,,Auksinis ryšys”, dirba baras ,,Pas Adoflą”.
2010 m. kovo 1 dieną pavadinta ,,Atžalyno” gimnazija.